| 順位 | クラブ | 勝点 | 試合数 | 勝 | 分 | 敗 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
| 1 | 愛媛 | 73 | 38 | 21 | 10 | 7 | 59 | 48 | +11 |
| 2 | 鹿児島 | 62 | 38 | 18 | 8 | 12 | 58 | 41 | +17 |
| 3 | 富山 | 62 | 38 | 19 | 5 | 14 | 59 | 48 | +11 |
| 4 | 今治 | 59 | 38 | 16 | 11 | 11 | 54 | 42 | +12 |
| 5 | 奈良 | 57 | 38 | 15 | 12 | 11 | 45 | 32 | +13 |
| 6 | 鳥取 | 56 | 38 | 14 | 14 | 10 | 57 | 52 | +5 |
| 7 | 八戸 | 56 | 38 | 15 | 11 | 12 | 49 | 47 | +2 |
| 8 | 岐阜 | 54 | 38 | 14 | 12 | 12 | 44 | 35 | +9 |
| 9 | 松本 | 54 | 38 | 15 | 9 | 14 | 51 | 47 | +4 |
| 10 | 岩手 | 54 | 38 | 15 | 9 | 14 | 48 | 49 | ‐1 |
| 11 | F大阪 | 53 | 38 | 14 | 11 | 13 | 41 | 38 | +3 |
| 12 | YS横浜 | 52 | 38 | 14 | 10 | 14 | 48 | 50 | ‐2 |
| 13 | 沼津 | 51 | 38 | 15 | 6 | 17 | 48 | 48 | ±0 |
| 14 | 長野 | 50 | 38 | 13 | 11 | 14 | 52 | 60 | ‐8 |
| 15 | 福島 | 47 | 38 | 12 | 11 | 15 | 37 | 42 | ‐5 |
| 16 | 讃岐 | 44 | 38 | 11 | 11 | 16 | 29 | 45 | ‐16 |
| 17 | 琉球 | 43 | 38 | 12 | 7 | 19 | 43 | 61 | ‐18 |
| 18 | 相模原 | 41 | 38 | 9 | 14 | 15 | 44 | 48 | ‐4 |
| 19 | 宮崎 | 39 | 38 | 9 | 12 | 17 | 31 | 52 | ‐21 |
| 20 | 北九州 | 31 | 38 | 7 | 10 | 21 | 33 | 45 | ‐12 |
※1位:愛媛、2位:鹿児島がJ2へ自動昇格