| 順位 | クラブ | 勝点 | 試合数 | 勝 | 分 | 敗 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
| 1 | 横浜FM | 68 | 34 | 20 | 8 | 6 | 70 | 35 | +35 |
| 2 | 川崎F | 66 | 34 | 20 | 6 | 8 | 65 | 42 | +23 |
| 3 | 広島 | 55 | 34 | 15 | 10 | 9 | 52 | 41 | +11 |
| 4 | 鹿島 | 52 | 34 | 13 | 13 | 8 | 47 | 42 | +5 |
| 5 | C大阪 | 51 | 34 | 13 | 12 | 9 | 46 | 40 | +6 |
| 6 | F東京 | 49 | 34 | 14 | 7 | 13 | 46 | 43 | +3 |
| 7 | 柏 | 47 | 34 | 13 | 8 | 13 | 43 | 44 | -1 |
| 8 | 名古屋 | 46 | 34 | 11 | 13 | 10 | 30 | 35 | -5 |
| 9 | 浦和 | 45 | 34 | 10 | 15 | 9 | 48 | 39 | +9 |
| 10 | 札幌 | 45 | 34 | 11 | 12 | 11 | 45 | 55 | -10 |
| 11 | 鳥栖 | 42 | 34 | 9 | 15 | 10 | 45 | 44 | +1 |
| 12 | 湘南 | 41 | 34 | 10 | 11 | 13 | 31 | 39 | -8 |
| 13 | 神戸 | 40 | 34 | 11 | 7 | 16 | 35 | 41 | -6 |
| 14 | 福岡 | 38 | 34 | 9 | 11 | 14 | 29 | 38 | -9 |
| 15 | G大阪 | 37 | 34 | 9 | 10 | 15 | 33 | 44 | -11 |
| 16 | 京都 | 36 | 34 | 8 | 12 | 14 | 30 | 38 | -8 |
| 17 | 清水 | 33 | 34 | 7 | 12 | 15 | 44 | 54 | -10 |
| 18 | 磐田 | 30 | 34 | 6 | 12 | 16 | 32 | 57 | -25 |
※1位、2位は本大会からACL出場。3位はプレーオフからACLに出場(浦和がACL優勝した場合、浦和がプレーオフから出場)。
※16位はJ1参入プレーオフ出場。
※17位、18位はJ2リーグに自動降格。